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基迪奥首创KEGG富集网络图工具上线

更新时间  2021-09-10 05:47 阅读
本文摘要:②在动态效果展示窗口中检察初始效果(图2)并凭据自己需求调整各项参数; 4)图中伶仃的节点表现该通路与图中其他通路没有直接相关。 ③在全局修改中选择整体结构为“cose”字体巨细为15号其他参数稳定。效果如下图3所示。

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②在动态效果展示窗口中检察初始效果(图2)并凭据自己需求调整各项参数;

4)图中伶仃的节点表现该通路与图中其他通路没有直接相关。

③在全局修改中选择整体结构为“cose”字体巨细为15号其他参数稳定。效果如下图3所示。

②在动态效果展示窗口中检察初始效果(图6)并凭据自己需求调整各项参数;

2)其他差别颜色和巨细的节点表现 keggpathway节点巨细表现 kegg富集分析后富集到该通路的基因数量节点的渐变颜色表现 kegg富集分析的Pvalue灰色节点表现从 kegg毗连数据库中增补的相邻通路它可以使我们相识 kegg显著富集的通路的相邻通路。

1)天蓝色圆形的节点表现基因它的巨细可以凭据参数调整单一巨细没有渐变巨细;颜色也可以调整单一颜色没有渐变色;

①根据工具说明整理kegg富集分析效果、基因与通路的关系文件点击提交任务即可;

功效

在基础版的“kegg富集网络图”工具中只能展示通路之间的相互关系。在进阶版的“kegg富集高级网络图”工具中还允许用户在输入通路的同时也输入基因列表从而在一张图形中同时展示“通路—通路“和”基因—通路”这样的连通关系(图 3)。

建议:输入通路个数为10-15个太多影响结构影响图形雅观。

2)其他差别颜色和巨细的节点表现kegg pathway节点巨细表现kegg富集分析后富集到该通路的基因数量节点的渐变颜色表现kegg富集分析的Pvalue;

①kegg富集网络图

工具链接:

https://www.omicshare.com/tools/home/report/kegg_network.html

应用规模:

从初始网络图中可以看到网络图太精密字体太小毗连线太黑节点颜色也需要调整另有伶仃的节点没有毗连。

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输入:

总结

示范案例:

kegg通路富集分析是组学分析最常用的方法。可是通常的 kegg富集分析的效果展示都是单个Pathway的富集水平没有提供通路之间的相互关系导致信息的碎片化我们无法从通路之间互作的角度对数据举行剖析。

操作步骤:

也接待大家进入基迪奥Omicshare转录组2群交流学习中遇到的问题:

图3 kegg富集高级网络图工具允许在通路图中加入基因信息

提前筛选用于绘图的kegg通路ID号以及相关基因ID号根据图形工具说明整理输入表格文件。

从初始网络图中可以看到网络图太精密字体太小毗连线太黑影响雅观节点巨细可以调大一点等。

3)实线表现通路与通路或通路与基因之间有毗连关系虚线表现毗连增补的通路与输入通路的毗连线形成一个关系网络。